AlphaFold 可能预测蛋白质结构，援手人类解决了几十年的生物难题，也拿了诺贝尔奖，全世界有几百万人使用它做钻研。各人都知路 AlphaFold 由被谷歌收购的 DeepMind 研发而来，事实上谷歌在英国伦敦还养着一家名为 Isomorphic Labs 的公司，专门钻研若何用 AI 设计新药。
这个被谷歌独享的 AI 到底严害在哪里 ？这要先从 AlphaFold 3 说起，AlphaFold 3 已经可能预测蛋白质和幼分子的结合方式，这对于找到新药极度沉要。药物要想起作用，就像钥匙插进锁孔一样，刚好卡在蛋白质的某个地位上。但是，光知路地位还不够，还得知路这把钥匙插得有多紧。松的注定起不到作用，太紧了则可能有副作用。
以前测试松紧度的时辰，得使用物理学步骤慢慢推算，算一次可能得几天甚至几周，花钱并且费劲。2025 年，领域内出现一个名为 Boltz-2 的开源模型，已经可能做到使用 AI 预测结合强度，快率比物理学步骤快好多。
而 IsoDDE 比 Boltz-2 还准，正确度甚至超过了那些慢吞吞的物理学步骤。并且 IsoDDE 出格擅利益理那些长得和训练数据齐全不一样的分子。美国哥伦比亚大学的推算机生物学家穆罕默德·阿尔库莱希（Mohammed AlQuraishi ）公开暗示，这意味着 IsoDDE 解决了最难的问题，也意味着背后研发人员注定使用了很新的招数。
IsoDDE 还能够预测抗体怎么和抗原结合。对于抗体我们应该都不陌生，新冠疫情期间各人天天测试的就是抗体� ？固逡┐丝淌窃煲┝煊虻南纸鸫竽膛�，每年销售额达到几百亿英镑。但是，设计抗体极度难题，由于它有一个 CDR-H3 的环状结构，不仅千变万化，并且很难预测。IsoDDE 在这个环节上，其正确率竟然比 AlphaFold 3 逾越 2.3 倍，比 Boltz-2 逾越将近 20 倍。
IsoDDE 还有一个找口袋的能力。蛋白质表表有一些凹陷的处所，药物分子能够钻进去。有的口袋藏得很深，平时看不见，只有特定分子靠近才会露出来。IsoDDE 则能从蛋白质的氨基酸序列启程，直接找到这些暗藏的口袋。据相识，背后研发人员使用一种名为 cereblon 的蛋白做测试，这个蛋白占有一幼我类使用了几十年的经典口袋，同时还有一个刚于 2026 年被发现的暗藏口袋。而只需使用序列信息，IsoDDE 就能把这两个口袋全数找到。
目前，Isomorphic Labs 已经将其用于各类新药项目，蕴含以前那些出格难搞的靶点。所谓难搞就是蛋白质表表光溜溜的，找不到口袋下手，或者口袋太深，药物钻不进去。而 IsoDDE 则能援手人们找到突破口。
那么，这么严害的器材，为何不开源 ？Isomorphic Labs 的选择其实不难理解。造药是几百亿的生意，谁先找到新药谁就能赚大钱，把主题技术藏着自己用在贸易上很合理，但是科学进取本就依赖分享和验证，你把最严害的兵器锁在柜子里，别人就没法验证，也没法改进，整个领域的发展快率就会慢下来。
两年前 AlphaFold 3 颁布的时辰，也是只给了论文没有给代码，被骂了一通之后才盛开。这次 IsoDDE 索性连论文都不发，只给了一份技术汇报。但无论若何，IsoDDE 让人们看到了 AI 设计药物的新高度。蛋白质折叠的问题解决之后，下一个问题就是若何设计出来治病的分子。Isomorphic Labs 背后的谷歌显然不想只当一个发论文的，他们也想亲自下场做出能吃的药，以及启发新的业务增长点。
事实上，IsoDDE 被称之为“AlphaFold 4”并非仅仅由于它在职能上和 AlphaFold 有着一脉相承的风格，背后公司 Isomorphic Labs 更是直接由凭借 AlphaFold 获得诺奖的 DeepMind 首创人戴女士·哈萨比斯（Demis Hassabis）亲自下场担任首创人和 CEO。
该公司的科学照拂委员会同样是“含诺量”十足，凭借开发 CRISPR/Cas9 基因编纂技术而获得诺奖的詹妮弗·杜德纳（Jennifer A. Doudna）以及凭借开发不合称有机催化而获得诺奖的大卫·麦克米伦（David W.C. MacMillan）都在这里担任科学照拂。
因而，说这家公司是全球科研布景最强的公司之一可能并不为过，而下一次 Isomorphic Labs 再被爆出大新闻的时辰，也许是带着新药呈此刻新闻稿或颁布会上的时辰。
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